Pusat ma’had al Jami’ah didirikan pada 4 April 1999, yang dihadiri oleh para kyai se Jawa Timur, dalam jangka 4 tahun telah menghasilkan 4 bangunan ma’had serta 5 pengasuh dan satu rumah dinas mudir (direktur ma’had). Dengan visi menciptakan mahasiswa yang berakhlaqul karimah, berilmu dan beramal berbasis pondok pesantren agar tercipta lingkungan kampus yang tentram dan agamis diiringi pembekalan dan pembelajaran agama serta berbahasa asing yang termasuk kegiatan unggul ma’had. Seluruh mahasiswa baru UIN malang diwajibkan untuk tinggal di ma’had selama setahun penuh dengan kegiatan yang padat sebagai penunjang ilmu pengetahuan agama yang lebih mendalam dalam kesehariannya.

Pada tahun 2018 M, mulailah dirintis pembaharuan dalam pengembangan pusat ma’had al jami’ah di UIN Malang dengan didirikannya program Ma’had Al ‘Aly atas usulan dan dorongan yang kuat dari rektor UIN Malang Prof. Dr. Abdul Haris, M. Ag. Kemudian usulan tersebut pun disampaikan kepada direktur ma’had al jami’ah yaitu, Dr. Muzakki, M. A, agar mempelopori berdirinya Ma’had aly sebagai pijakan yang lebih tinggi bagi mahasantri yang ingin lebih mendalami tentang pembelajaran agama terlebih kitab kuning atau kitab turots yang akan dikaji setelah lulus dari program wajib selama setahun Ma’had Sunan Ampel Al ‘Aly. Tentunya tidak lepas dari visi misi ma’had aly nusantara secara umum, harapan yang ditujukan dengan berdirinya ma’had aly ini yaitu, untuk meningkatkan kualitas mahasantri yang ada dilingkup kampus serta menciptakan generasi millenial yang seimbang antara intelektual dan spiritual dengan berbasis kitab turots dan kitab kuning yang berkurikulum pondok pesantren. Pengembangan unit ma’had aly ini, sangat diharapkan juga dapat menjadi icon yang mencolok bagi UIN Malang.

Dirumuskan oleh tim yang terdiri dari mudir, pengasuh, murobbi/ah, muallim/ah serta staff pusat ma’had al jami’ah pada bulan Ramadhan 1439 H. Dengan menghasilkan rancangan proses penerimaan santri baru ma’had aly tahun ajaran 2019/2020, yaitu dikumpulkannya data mahasantri dalam kelas taklim afkar dan taklim qur’an tingkat ‘aly. Setelah itu, murobbi/ah mensosialisasikan kepada mahasantri terkait akan diadakannya program ma’had aly ini. Hingga ditetapkan kuota 50 orang dengan proses seleksi yang sangat ketat. Seleksi masuk ma’had aly meliputi membaca kitab gundul dan mensyarahinya serta menjelaskan secara kedudukan nahwu shorofnya. Akhirnya terpilihlah 34 mahasantri yang lolos seleksi berkas maupun tes baca kitab, terdiri dari 14 mahasantri putra dan 20 mahasantri putri. Pertemuan pertama bersama mudir dilaksanakan pada bulan Romadhon sekitar seminggu setelah pengumuman dengan agenda perkenalan lebih dekat. Dan dilanjutkan pertemuan kedua pada 31 Agustus 2018 di halaqoh ma’had dan menghasilkan struktur inti mahasantri ma’had ‘aly.

Dengan rancangan awal kurikulum telah dipelopori oleh mudir ma’had, dengan sistem ngaji kitab sorogan 3 sks setiap mata kuliahnya. Terdapat 4 mata kuliah pada semester awal dan para mu’allim yang langsung dipilih oleh mudir ma’had. Dan berkembang pada setiap semesternya yaitu menuju tingkatan yang lebih tinggi tentunya menjadi 5 mata kuliah pada semester ke 4 ini, meliputi mata kuliah fiqih, ushul fiqih, akhlaq, ilmu hadits dan ilmu mantiq. Meskipun berbagai macam polemik yang dihadapi mudir untuk membangun ma’had ‘aly, tak menyurutkan begitu saja semangat untuk terus memperjuangkan legalitas serta terlaksananya kegiatan secara efektif. Oleh karena itu, santri ma’had ‘aly dituntut untuk menguasai dan dapat mempraktekkan seluruh bidang mata kuliah yang telah ditentukan dengan fasilitas tempat tinggal dan beasiswa yang disediakan. Agar nantinya bisa terlibat langsung dalam menyelesaikan permasalahan yang terdapat pada kehidupan masyarakat. 

Seiring berjalannya waktu, perjalanan mudir dalam memperjuangkan terkait legalitas ma’had ‘aly kepada pihak diktis dan kemenag pusat di Jakarta, kemudian tercetuslah “MA‟HAD AL JAMI‟AH AL „ALY” sebagai nama dari program ma’had ‘aly UIN Malang. Pada umumnya, ma’had ‘aly yang ada di berbagai daerah dididirikan sebagai universitas yang berbasis kitab kunig dengan kurikulum pondok pesantren. Namun, berbeda dengan ma’had al jami’ah al ‘aly ini, yang mana santrinya juga mempunyai kewajiban sebagai mahasiswa formal dalam kampus UIN Malang. Sehingga santri ma’had aly di sini menjalani program layaknya double degree dengan kurikulum yang berbeda. Maka dari itu latar belakang nama yang digunakan ada al jami’ah di tengahnya. Mudir berharap masyarakat melihat bahwa mahasiswa tidak hanya bisa berfikir secara intelektual yang berkembang pesat namun juga dapat diimbangi dengan segi spiritual yang kuat setelah melewati program ma’had ‘aly ini. 

Layaknya ma’had ‘aly yang lain, ma’had al jami’ah al ‘aly mempunyai fokus pembelajaran kepada fiqh kontemporer atau fiqih karakter yang ditunjang dengan kegiatankegiatan pendalaman ilmu fiqih oleh santri melalui kegiatan syawir yang dilakukan setiap minggu, kegiatan muthola’ah setiap bulannya, serta dilengkapi dengan kegiatan cangkrukan akademik bersama mudir dan staff ma’had ‘aly, tak lupa juga ikut andil dalam forum-forum bahtsul masa’il yang diadakan oleh pesantren-pesantren untuk mengembangkan pola pikir dan kekritisan para santri, agar nantinya santri dalam menghadapi masyarakat bisa bersikap fleksibel namun mempunyai dasar yang kuat sebagai acuan pendapat yang dimiliki.  Begitulah, sekilas napak tilas pendirian pondasi ma’had al jami’ah al ‘aly sebagai jenjang yang lebih tinggi dari ma’had wajib setahun sebelumnya. Pastinya dengan diiringi perjuangan para muallim dan staff yang selalu membimbing kami dengan sistem conselling di setiap kendala yang ada. Sekian semoga bermanfaat.